Η εφαρμογή αυστηρών ποιοτικών ελέγχων έχει ως αποτέλεσμα να γίνονται κάθε χρόνο εκατοντάδες αναλύσεις, απλές ή περισσότερο εξειδικευμένες.
Για το λόγο αυτό, στο Κέντρο Υποστήριξης Μονάδων Εκτροφής, έχει δημιουργηθεί και λειτουργεί ιχθυοπαθολογικό εργαστήριο όπου πραγματοποιούνται μικροβιολογικοί και φυσικοχημικοί έλεγχοι των ψαριών και του νερού. Παράλληλα, αναλύσεις πραγματοποιούνται και σε εξειδικευμένα ιδιωτικά εργαστήρια και διαπιστευμένα ερευνητικά κέντρα στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.